首先银行使用的并不全是微软系统
银行系统分为核心处理系统和外围操作系统。
核心系统一般使用的并不是微软系统，最常见的是ibm的aix，sun的solaris，惠普的hp-ux,sco的scounix。
比如工农中建交，核心系统主机都是z大型机，操作系统是ibm的z/os；一般的股份行是ibm的i中型机，操作系统是os/400，再小一点是p系列及对应的hp9000等等小型机，用unix及其各种变种。
外围系统（员工操作系统，我们常见的银行营业厅电脑）、管理信息系统用什么的都有，unix和win都有，目前大部分银行员工终端电脑系统使用的都是微软的windows7以上或xp系统。但是这种系统跟我们普通人使用的还是有一定的差别，这些系统一般都是深度定制，而且装载的软件都是特殊处理的，与我们所使用的差别很大。
银行之所以不用国产系统有多方面的原因。银行作为跟钱打交道的机构，安全是最重要的因素，使用外国的系统或多或少都有一些安全隐患，因此我们都希望银行所有系统（包括核心系统和操作系统）都能国产化。但是现实却有点让大家失望。
目前我国也有不少系统，比如深度linux（deepin）、优麒麟（ubuntukylin）（由中国ccn联合实验室支持和主导的开源项目）、中标麒麟（neokylin）；威科乐恩linux（wios）、起点操作系统（startos原雨林木风os）；凝思磐石安全操作系统；共创linux；思普操作系统；中科方德桌面操作系统，普华linux（i-softos）等等。
但是实际银行使用国产系统功的很少，我个人觉得主要有几个原因。1、国产系统尚未成熟
目前很多国产系统都是在linux的基础上改进过来，说得不好听一点就是linux汉化再加点国产特色的系统，所以缺乏核心的技术。
而银行作为跟钱打交道的机构，直接关系到用户数据的安全和交易安全，因此对系统的要求是十分严格。
2、很多硬件不支持国产系统
虽然目前国产系统有不少，但是系统不是开发出来就可以随便安装，需要配合硬件的使用，而目前很多电脑设备基本都是支持微软为主，而一些核心处理设备一般都是厂家直接配备的系统，比如ibm。
3、国产操作系统缺乏生态系统
系统不是光杆司令，需要有其他软件的配合，而很多软件的开发都是基于某一些操作系统开发，比如手机的ios和安卓等，基于国产系统开发的软件很少，这意味着如果你安装的国产操作系统，很多软件是没法使用的，这就导致用户不愿意使用国产操作系统，反过来又进一步打击国产系统开发的积极性，因为系统开发出来没有人使用，不能盈利所以很多机构都不敢投入资金进行研发，有的公司甚至破产，比如中科红旗软件技术有限公司经营发生严重困难，董事会于2013年12月13日决议从即日起解散公司。
不过让人欣喜的是，最近几年在一些政府采购中都向国产系统倾斜，通过政策引导来支持国产系统的发展，因此我们相信在不久的将来国产系统一定能走进各家银行，成为国内银行主要的系统。
毕竟核心技术是买不来的，也讨不来，只有大家都去支持国产系统，让国产系统有生存的空间，才能形成一个良好的循环，从而促进国产系统的进一步升级强大。
网友解答:国产没有操作系统，只有基于linux的变种，类似基于安卓的小米手机系统。
国内4大行的核心系统用ibm的es9000主机，其它大点的银行用ibm的as400，都是专用的操作系统，使用cobol语言。
小银行核心系统用基于unix操作系统的变种，机型如ibm的aix，hp的hp9000等。
再小的银行如村镇银行的核心系统，有的用linux操作系统如红帽，有的直接用windows。（其实linux也是unix的变种，命令基本一样）
除了核心系统，银行还有大量的其它应用系统，如信贷管理，网银，人事等等，它们的操作系统可能是unix/linux,也可能是windows。
另外核心系统的前端也是windows。（以前是显示终端，类似显示器）
可以毫不夸张地说，国内银行应用系统的核心在ibm手上。
